Excelente, eso no lo había visto!
Tal como dices, aplicar el parche de Magno hace que la ROM NTSC pase a ser PAL, y por lo tanto, pierde la capacidad para que el truco resulte. Quizás sea porque el archivo base para hacer el parche era PAL...
Entonces, la solución es cambiar a la ROM original al momento de querer hacer el truco, y luego volver a la parchada, esperando que respete el cambio hecho con la otra