Bueno, el Mario RPG tiene problemas siempre con el ZSNES.
En los mismos foros de ZSNES se ha reportado el problema por varias personas y según los creadores es un error a corregir para la próxima versión del emulador... así que no hay solución por el momento.. hacer 'rewind' o cargar cuando se congele..
No estoy seguro de esto, pero al parecer en la versión
Zsnes 1.42 es menos probable que se congele el juego.. también con Snes9x creo que no da ningún problema ahí xD (actualmente según he oído el Snes9x última versión es mejor que el Zsnes en cuanto a emulación o.O)
tl;dr/resumen: Prueba con:
Zsnes 1.42
Zsnes 1.51 guardando seguido o haciendo rewind (rebobinar)
Snes9x 1.52
EDIT: uno de los problemas más comunes es que se congela cuando cambias de armas o equipo, una solución a esto según los del foro es
que para equipar selecciones primero el espacio del personaje y luego el equipo (por ejemplo: eliges el arma que tiene equipada Mario y
después el arma que quieres equipar.