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tengo el snes9x 1.51, no la 1.52 (y encima lo tengo desde hace tiempo...)

Los archivos que tenga ya de la snes9x funcionarán en la zsnes?

Los archivos de memoria (.srm) si te funcionarán por igual en ambos emuladores, pero los savestates son exclusivos de cada emulador.

Si el problema lo arroja el emulador me suena a que no tiene nada que ver con el juego y es una cuestión de archivos, asegurate de que tanto los archivos de guardado como los savestates NO ESTÉN protegidos de escritura (modo sólo lectura). Puede que por eso el emulador de error.