Yo uso linux a Diario, de hecho, es mi trabajo.
El emulador que uso es Zsnes y funciona genial en linux, ademas, utilizo aplicaciones de windows via terminal services en el trabajo, asi que la chamba se la lleva el server.
Les recomiendo a los que quieran saber un poco mas se pasen por Webup8, ahi salen las novedades relativas a Ubuntu.
Y por cierto, hablando de Linux, hay una distro que sirve para emuladores y otras cositas, prueben Puppy Arcade:
http://scottjarvis.com/page105.htm
Ahi les dejo el link.
es muy simple de usar y cabe en una USB, en pocos segundos tendran una PC con emuladores y si bien lo configuran podran tener un Centro de ENtretenimiento portable